作为一个岛国，日本由北海道、本州、四国、九州四个大岛和3900多个小岛组成，统称日本列岛，其国土面积为37.77万平方公里，仅占世界陆地面积的0.27%。同时，陆地中山地和丘陵约占总面积的80%，多火山、地震。最高峰富士山的海拔为3776米。沿海平原狭小分散，关东平原最大。日本土壤贫瘠，主要为黑土(火山灰)泥炭土以及泛碱土，大部分冲积土已开垦为水田，形成特殊的水田土壤。温带海洋性季风气候，夏秋多台风，年平均气温在10C以上。大部分地区年降雨量为1000~2000毫米。日本有大小湖泊600多个;河流短急，水力资源丰富。
日本一直十分重视智慧农业在社会生活中的作用，但近20年来，除稻米自给有余外(1993年例外), 其他作物的种植面积和总产逐年减少，自给率下降，进口增加。现在，日本的食物热量自给率只有46%， 食用农产品综合自给率为65%，主食谷物自给率为66%，饲料自给率为26%。日本大米每年总产大致在1126 万吨左右。大豆、玉米等其他作物，几乎全靠进口( 从中国的进口占第3位)。同时，日本重视蔬菜水果的摄人，蔬菜种类繁多，主要的有29种，叶、基菜类蔬菜增加，果菜和根菜类减少。日本的主要水果是柑橘、草果和梨，年人均消费量 38.8公斤。因消费结构的变化，消费量减少，自给率也下降到59%，进口的种类和数量都在增加。
由于水资源丰富，日本是世界上食鱼最多的国家，水产品在日本人的饮食中占有重要地位。1997年，每人每天鱼的纯消费量(不包括头、骨和内脏)为99克。20世纪60年代，日本的捕鱼量大幅增加，远洋渔业6年内增加到了2倍，近海渔业也有所增加，但是随着世界各国先后划定了200海里渔业水域，加之1973年爆发石油危机，燃料费上升，远洋渔业受到打击。从20世纪70 ~ 80年代，近海渔业增长，成了日本渔业的中心。从1960年到1999年的30年间，日本的水产品进口增长到了36倍。日本进口的鱼贝类大部分为鲜活产品，主要的进口国和地区依次为美国、中国台湾省、中国、韩国和泰国。
林业在日本的国土保护和涵养水资源方面的效益极为显著。日本的森林覆盖高达65%，居世界前列，但每年进口木材占总需求量的75%左右。日本人工林约占森林总面积的45%，国有林占30%。日本森林面积占国土面积的近70%，加上南北温差大，树种丰富，其中，针叶林占2/3，阔叶林占1/3。日本的房屋和家具大量使用木材，“木”文化在日本人的生活中占有重要地位。但由于林业经营收人低，加之林业就业人口老龄化，日本的林业生产进展缓慢。
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